Mary är en vanlig flicka som tillbringar sommarlovets sista dagar hos en äldre släkting på landet. Uttråkad följer hon efter en katt som leder henne djupt in i skogen. Där finner hon en kvast fastvuxen i ett gammalt förvridet träd och blå lysande blommor vid trädets fot. När hon plockar en av blommorna flyger plötsligt kvasten iväg med henne och katten till en mystisk färgglad stad ovan molnen. Där hamnar Mary på Endor College, en skola för häxor. Skolans rektor blir övertygad om att Mary är en extra kraftfull häxa och hon får börja studera för den märkliga Doktor Dee, som är mästare på förvandlingsmagi. Men Endor College är inte så bra som hon trott och Dr Dee är ingen mästare på magi. Mary måste riskera sitt liv och vara smart och modig för att ställa allt till rätta igen."Mary och häxans blomma" är ett actionfyllt äventyr med otroliga världar och finurliga karaktärer. En innerlig historia om en ung tjej som försöker hitta sin plats i världen. Baserad på Mary Stewarts klassiska barnbok "The Little Broomstick". Det är den första filmen från den nya japanska filmstudion Studio Ponoc och den tredje filmen av regissören Hiromasa Yonebayashi, tidigare huvudanimatör hos Hayao Miyazaki på Studio Ghibli. Hiromasa Yonebayashi har tidigare regisserat När Marnie var där och The Secret World of Arrietty.