Alcatraz ockuperas av elitsoldater ledda av den förbittrade överse Hummel. Med turister som gisslan riktar de raketer laddade med biologiska stridsmedel mot San Francisco. Mannen som kan rädda stadens invånare från en säker död är John Patrick Mason - den ende fånge som någonsin flytt från Alcatraz och överlevt. Mason låter sig övertalas och han måste nu försöka leda polisens experter samma väg in i fängelset som han en gång tog sig ut!