Strandsatta i en ödelagd stad upptäcker gänget ganska snart att det kryllar av flygande tefat och utomjordingar på stället. Efter att ha blivit tillfångatagna ombord på ett UFO händer någonting mycket märkligt med Scooby och Shaggy. Båda två blir hals över huvud förälskade!?! Mysteriet leder dem till en superhemlig forskningsbas där regeringen exprimenterar. Våra hjältar, som är förblindade av kärlek får tillsammans med resten av gänget ett tufft mysterium att lösa.