Superhjälteaction med handlingen förlagd till år 2415 Aeon Flux övergav för länge sedan tanken på att leva ett normalt liv. Ända sedan hennes familj mördades av agenter utsända av staten, har hon planerat sin hämnd. Nu tillhör hon en underjordisk motståndsarmé, vars mål är att störta ledarskiktet i staden Bregna. Aeon Flux är vältränad, hänsynslös och redo att slå tillbaka. Men när hon äntligen får uppdraget att lönnmörda Bregnas ledare, råkar hon avslöja en sedan länge fördold hemlighet och i ett slag förändras allt!