Under 300-talet är det ärofulla Alexandria i Egypten hemvist för det legendariska bioblioteket, ett säte för kunskap och lärande utan jämförelse i den antika världen. Filosofen Hypatia brinner för vetenskapen med sin aldrig svikande passion för sanningen och är på väg att avslöja mysteriet kring solsystemet, århundraden före Copernicus och Galileo. Men hennes arbete hotas av kristendomens framväxt och konflikter mellan kristna och hedningar. Efter att kejsaren konverterat får den kristna minoriteten i Alexandria större makt och startar våldsamma upplopp på gatorna, vilket leder till inbördeskrig. Mitt i detta kaos slits Hypatia mellan två män som åtrår henne: hennes trogne slav Davus, som tvekar mellan kärleken till Hypatia och den frihet han kan få om han konverterar till kristendomen, och hennes ädle elev Orestes, som är förlitar sig på Hypatias kloka råd.