Thomas vaknar upp instängd i en gigantisk labyrint. Hans minne är raderat. Men han är inte ensam, en stor grupp av pojkar delar samma öde. Den enda chansen att ta sig ut levande ur den massiva labyrinten som är fylld med dödliga varelser är att samarbeta och pussla ihop de ledtrådar de hittar, som verkar leda till en organisation som kallas W.C.K.D.