"Maria Magdalena" är ett autentiskt och humanistiskt porträtt av en av de mest gåtfulla och missförstådda andliga figurerna i historien. Filmen skildrar Maria, en ung kvinna på jakt efter ett nytt sätt att leva. Inskränkt av dåtidens hierarkier trotsar Maria sin traditionella familj för att gå med i en ny social rörelse som leds av den karismatiska Jesus från Nasaret. Hon hittar snart sin plats i rörelsen och i hjärtat av en resa som kommer att leda till Jerusalem.