Sprickorna i muren utspelar sig i ett litet brukssamhälle i Bergslagen vårvintern 1981. Lars Herdin avbryter sin doktors-examen i matematik i Uppsala. Trött på tillvaron tar han ett lärarvikariat i ett nedläggningshotat brukssamhälle. När Herdin upptäcker att en av hans elever, Jonny, är ett matematiskt geni får han livslusten tillbaka. En lekfull vänskap uppstår. Jonny upptäcker möjligheten till ett nytt liv, men vet att han då också tvingas svika sin pappa. Herdin inser inte att Jonnys klassresa skapar nya tomrum, men han känner sig alltmer obekväm i situationen. Det är första gången någon verkligen behöver honom. Han märker heller inte att Jonnys flickvän Claire blir förälskad i honom. Herdin väcker känslor och längtan, utan att förstå dess konsekvenser.