"My Name is Khan" är en historia om fördomar, mod och kärlek i efterdyningarna av 9/11. Rizwan Khan har Aspergers syndrom, men har ändå lyckats skapa sig ett bra liv i USA med sitt livs kärlek Mandira. Efter 9/11 faller Rizwan offer för de fördomar terrorn skapat och hans sjukdom misstas av staten för suspekt beteende. För Rizwan börjar en omtumlande resa för att rentvå sitt namn...