Besättningen på Enterprise kallas hem när ett fruktansvärt terrordåd utförts av någon inom deras egen organisation. Stjärnflottan, och allt den står för, förintas, och världen befinner sig i kris. I denna krigshärjade värld, leder kapten Kirk jakten efter den livsfarlige man som i sig själv är ett massförstörelsevapen, en jakt som även är en personlig vendetta. Våra hjältar tvingas in i ett episkt schackspel på liv och död, ett spel där kärlek och vänskap står på spel och Kirk måste offra allt för den enda familj han någonsin haft: sin besättning.